خانه شیخ الاسلام دارای حیاط بسیار بزرگی است که فضاهای اصلی در شمال و جنوب آن ساخته شده اند. این حیاط غالبا محل برگزاری مراسم مذهبی بوده و محوطه سازی آن با سایر خانه های اصفهان متفاوت می باشد. به این ترتیب که یک حوض نسبتا کوچک مقابل ایوان شمالی و دو باغچه به شکل هشت ضلعی در دو سوی آن قرار دارد.